Le sepaje est également présent dans les écoles du secondaire II du canton du Jura par un service d'aumônerie oecuménique des écoles, saoe.
Il est présent, de manière différente, dans les cinq divisions du CEJEF.
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Division Lycéenne
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Division santé-social-arts
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Division commerciale
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Division artisanale
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Division technique
La présence du saoe se fait de différentes manières :
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par des temps de présence sur des repas de midi
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par des rendez-vous que tu peux demander à un membre de l'équipe d'aumônerie
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par une présences lors des festivités
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par un panneau d'affichage où tu trouveras les propositions du service